Почему, в Самаре с 1.01.2019, повысили проезд на 5 руб., а инфляция 4,5%?

Всё дело в том, как именно считается инфляция.

Она высчитывается, исходя из цен на потребительские товары по строго определённому списку. Список этот утверждается на каждый период оценки общей стоимости особо. То есть на каждый квартал, а возможно, что и на каждый месяц.

Услуги никакие в расчёт инфляции не входят. Ни коммунальные, ни проезд на городском или междугородном транспорте. Поэтому никакие колебания цен на проезд в тех же маршрутках, автобусах, троллейбусах и трамваях не отражаются и на вычисляемых показателях инфляции.

И это не только в Самаре так, но и вообще (даже, наверное, на всей планете).