Как правильно - at the university или in the university?

В данном случае это предлоги места, где "at" означает пребывание на учебе или работе, "in" подразумевает нахождение "внутри чего-либо". Думаю, с примерами будет понятнее:

I study at the university of London. - Я учусь в университете Лондона.

Se works at the flower shop. - Она работает в цветочном магазине.

He is waiting for me at the airport. - Он ожидает меня в аэропорту.

The cat is in the box. - Кошка сидит в коробке.

I am in my room, reading a newspaper. - Я сижу в комнате, читая газету.

We live in little beautiful town. - Мы живем в маленьком красивом городке.

Отсюда вывод: правильным будет вариант "at the university".

Если всё еще не очень понятно, то рекомендую здесь подробнее почитать о предлогах места.