Если я подам в суд на ФСБ - может быть такое, что они меня убьют потом?

Лично я думаю, что в суд на ФСБ невозможно подать, так же как невозможно подавать в суд против любой организации. За исключением, если эта организация в целом является преступной. Ну как Гестапо или СС, созданная с преступными целями и осуществляющая свою деятельность преступными методами. И если такой суд и состоится, то будет он не судом, а каким нибудь очередным международным трибуналом. При этом рассматриваться будет не одно ваше заявление, а массовые обращения пострадавших или (если они не остались в живых) по факту массовых злодеятий.

А у нас не только ФСБ никто не собирается осуждать в судах, но даже НКВД, ОГПУ и ВЧК. Все осуждения их деятельности только на словах, а в судах рассматривались только преступления отдельных личностей (типа Ягоды, Ежова, Берия) да и то во времена Сталина и Хрущёва. При этом многие из осуждённых тогда реабилитированы в наше время, или точнее во время Ельцина и Горбачёва вплоть до некоторых достаточно сомнительных личностей.

Вы можете подать в суд только на реальных персонажей за реальные нарушения закона. При этом, если персонажи не из лица руководства ведомства, а нарушения конкретные, то можно даже не в суд обратиться, а в службу собственной безопасности ведомства в Москве. Думаю, что вас даже наградят, что вы разоблачили оборотня в погонах и не вынесли скандал за пределы ведомства. Ещё один вариант в московскую прокуратуру или следком. Но тогда награды точно не дадут.