Что добавить в robots.txt, чтобы яндекс не индексировал счетчик?

Чтобы указать поисковой системе что на странице индексировать, а что нет нужно использовать тег <noindex> для блока, который нужно скрыть от индексации, а так-же в тег <a> нужно добавить аттрибут rel="nofollow". Причем использование данного атрибута не делает ссылку невидимой, а лишь указывает, что по ней не нужно переходить поисковику и заниматься индексацией страницы, на которую она указывает.

Иными словами - в robots.txt вносить ничего не нужно, нужно менять саму страницу\страницы\ша­блон\блок на которой находится счетчик.

Ну это буквально в двух словах, более подробно об этом теге и атрибуте можно почитать тут