Почему фильтр топлИвный, а молоко топлЁное?

В данном случае нужно исходить из того, как (от каких слов и при помощи каких морфем) эти слова образованы и какими частями речи являются.

Оба слова - имена прилагательные, отвечают на вопрос "какой?".

Топливный - образовано от сущ-го "топливо" при помощи суффикса "-н-", имеющего значение признака, относящегося к предмету. Образованное прилагательное является относительным (ср. фильтр для топлива). При этом в слове-производителе уже есть суффикс с гласным "и" - "-ив-".

Топлёное - от "топить" при помощи суффикса "-ён-", который имеет значение результата действия, ср. гашёный, дарёный, солёный и т.п.