Можно ли форматировать HDD по расписанию?

Вероятнее всего вы попутали термины.

Форматирование производит полную очистку диска и удаляет всю находящуюся на нём информацию. После него ваш диск будет пустой.

В отличие от форматирования существует дефрагментация диска. В данном варианте предусматривается наиболее близкая компоновка секторов, на которых записана информация одного файла. И так для всех файлов на диске. Это делается для оптимизации чтения файлов.

Вот именно этот процесс и рекомендуется делать, а не тот, который вы означили.