Есть разница, какой слот ставить видеокарту?

При подключении видеокарты в слот PCI Express нужно обязательно сверяться с документацией к материнской плате. Дело в том, что на большинстве платформ напрямую к процессору подключен только один слот PCI-E x16 (часто он выделяется другим цветом, но не всегда), а на высокопроизводительн­ых платформах (LGA2066, TR4) к процессору могут быть подключены до четырёх слотов PCI Express. Остальные слоты подключаются к чипсету, и несмотря на то, что они имеют физический размер x16 - к ним обычно подводится не больше четырёх линий PCI-E. Разумеется, это не лучшим образом скажется на производительности видеокарты, особенно топовой.