Выделять ли запятыми По Божьей милости?

Не всегда.

Например, в предложении "это произошло по божьей милости" - не надо. Тут эти слова - нормальные смысловые члены предложения. А вот если "По божьей милости, мне пришло два туза на мизере" - то надо, потому что тут это вводные слова, не относящиеся к смысловой канве предложения, а вводные слова отделяются запятыми.