Был ли магистром Мальтийского Ордена Павел I?

Обе. Потому что Император Павел I действительно был протектором Ордена, а затем, после сдачи Мальты Наполеону Магистром фон Гомпешем, действительно был избран Великим Магистром Ордена.

Предшествовало этому событию письмо Папы в Петербург графу Дж. Литта, в котором он сообщает, что пришел в ужас:

Это письмо Павел посчитал формальным согласием папы и только после него принял титул Великого Магистра. И длился этот русский период ордена 12 лет с 1798 по 1810 гг. Тогда кроме Великого Российско-католическ­ого приорства, было учреждено и Великое Российское (для православных) приорство и 98 командорств.

Но правда и то, что официального признания папы не было. Как не было и протеста. И хотя провозглашение Императора Павла I Великим Магистром противоречило Конституции и Каноническому Праву Католической Церкви, оно было принято многими Великими Приорствами и большинством дворов Европы. От признания отказались только великие приорства Рима, Испании, Каталонии, Наварры, Арагона и Кастилии.

Папа Пий VII в своих письмах так объяснял сложившееся положение:

То есть папой было принято "решение молчания". И император Павел I был Великим Магистром Суверенного Ордена святого Иоанна Иерусалимского "де факто".

Историк Мальтийского ордена граф Мишель де Пьерредон в книге "Политическая история Суверенного Ордена святого Иоанна Иерусалимского" дает такую оценку ситуации:

Российский посол в Риме граф Лизакевич сообщал следующее:

Да, Павел I был 72-м Великим Магистром Суверенного Ордена святого Иоанна Иерусалимского "de facto". И он действительно спас Мальтийский орден от гибели.

А уже в наше время, в апреле 1997 г. были вообще реформированы Конституционная Хартия и Кодекс Суверенного Мальтийского Ордена. И изменения были незамедлительно утверждены Святым Престолом. В числе реформ принято и решение о том, что орден получает полную самостоятельность в вопросе выбора своего руководителя. Теперь вновь избранный Великий Магистр лишь извещает папу о своем избрании. Это решение, утвержденное Ватиканом, хоть и задним числом, косвенно подтверждает и права избранного Павла как гроссмейстера.