Какова этимология слова жупел? Почему у него отрицательная коннотация?

Отрицательная коннотация у этого слова была изначально, и даже наоборот - это сейчас оно часто употребляется в ироничном смысле, вызывает улыбку, либо же его могут употреблять, чтобы показать замшелость, абсурдность каких-либо опасений или страхов. Изначально же это слово, которое происходит от праславянского и прагерманского названия серы, обозначало одну из кар господних, припасенную им для непокорных - огненный дождь из горящих серы и смолы. Также именно этим словом описывается обстановка в аду - уж там-то горящих серы и смолы действительно много. Неудивительно, что со временем это стало означать просто нечто неописуемо ужасное, вызывающее безотчетный страх. Ну а еще позднее это стало просто пугалом, которого на самом деле любому разумному человеку бояться и нечего.