Что происходит с погибшими гельминтами и паразитами в организме?

Из других органов любого паразита можно удалить только хирургически. Как у вас (ну не у вас лично, конечно), скажем, эхинококк или альвеококк сможет до кишечника из лёгких или печени добраться? ;-)

А, скажем, трихинеллу вообще никак не вывести. Их слишком много, маленьких инкапсулированных личинок в мышцах -- не удалять же практически все мышцы у человека! Так и остаются после лечения, могут кальцифицироваться. Ну если очень уж начнёт мешать и болеть -- конечно, иссекут поражённую область.