Чем крайний отличается от козла отпущения?

По сути, ни чем.

И того, и того назначают. И наказывают за всех виноватых оптом. Только "козел отпущения" это религиозный ритуал. А "крайний" это самое нижнее звено в цепочке ответственных лиц, обычно, не имеющий возможности ни ответить, ни защититься, ни прекратить действие, за которым последует наказание.