А все же, как правильно: Око за око или подставлять вторую щеку (см)?

Правильно и то, и другое.

Ведь это - религия, а не наука.

Она служит для манипулирования легковерными людьми, а посему нужен простор для действий.

Поэтому, в зависимости от того, куда именно нужно направить действие верующих, можно использовать и первое, и второе правило

Это абсолютно нормально для религии и весьма удобно для манипуляторов.