Почему наличие мужского органа не всегда делает его носителя мужчиной?

Да потому, что мужской пол определяется не только по наличию или отсутствию пениса. Это и строение скелета, и наличие вторичных половых признаков, как то: низкий голос, тип оволосения тела, размеры внутренних органов, включая мозг (последнее увы, не в пользу женщин, даже таких симпатичных, как ваша аватарка).

Если же вы намекаете на психологические аспекты мужского характера, то вы заблуждаетесь. Тут все зависит от воспитания. И будет к месту вспомнить моего любимого стихоплета Гарика Губермана (да простят меня модераторы - из песни слова не выкинешь):