Должен ли банкомат предупреждать о комиссии , о размере комиссии (см)?

Я думаю, стоит обратиться, конечно. Не дело, говорить одно, а творить другое.

Думаю, обратиться можно для начала в оба банка. Мало ли, вдруг это не ВТБ комиссию взял, а сбербанк. Дальше можно спросить совета в бесплатной юридической консультации. И действовать так, как предложат они. Понятное дело, нет смысла из-за 100 рублей открывать судебное дело и тратиться на его ведение, но возможно есть шанс мирным путём вернуть свои деньги. К тому же, если не жаловаться, то это не прекратится.