Потому что нельзя рассматривать сложную структуру всего лишь как сумму составляющих частей.
Если сложить в кучу отдельные детали, это не будет автомобилем. И не поедет, даже если полить эту кучу бензинчиком.
Берём школьные учебники химии. Изучаем тему электроотрицательности, валентности, ковалентную и ионную связи. Это для начала. Но уже будет ясно, что атом сам по себе - ерунда, зато молекула - это уже сильно и устойчиво, такой организованной компанией атомам комфортнее. Молекулы могут быть огромными. Некоторые из молекул, реагируя с тем, что находится вокруг, могут дублировать себя целиком или частично. Это нуклеиновые кислоты, основа живых существ. И да, атомы или молекулы - они не нейтральные "шарики" в сферическом вакууме, чтобы лететь куда вздумается после исключительно низкоэнергетичных абсолютно упругих столкновений. С чем-то они взаимодействуют, с чем-то нет, и это происходит вовсе не от балды. Для реакции нужно, чтобы множество факторов приняли определённые значения. Тогда как "отталкиваются" или "притягиваются" (ещё и без объяснения причин, и получается, что будто бы и то, и другое разом, ерунда, не правда ли?) - это о-о-очень упрощённая модель, иллюстрирующая всего лишь один аспект полной картины.
