Что делать, если магазин забрал договор купли-продажи?

Боюсь что ничего сделать нельзя! Вы виноваты в данном случае сами(уж простите). Надо было сразу тщательно проверять все (вплоть до винтиков если это необходимо!). При выявлении даже трещины на стекле, вы могли отказаться принимать такой "бракованный товар".

А так вы подписали акт приемки наверняка(что претензий не имеете).

Поймите магазин: как вы докажете что стекло именно таким привезли? Возможно ваша жена в ваше отсутствие могла уронить, вам не сказав например коробку...

Так же вы сами поднимали коробки на этаж(могли повредить).