Как сделать отдельную нумерацию в документе Word?

Дипломную работу вам ведь не в электронном виде сдавать (защищать)?

Ну так разделите файл на две части: основная и приложения. Каждую часть отдельно пронумеруйте, распечатайте в нужном количестве экземпляров и уже распечатанные варианты сложите вместе... Это решение так сказать на крайний случай, если ничего не поможет.

А вообще есть несколько витиеватое решение вашей проблемы прямо в одном файле.

1)Находясь на первом листе документа выбирайте в меню (ленте) вкладку "Вставка" - "колонтитулы". Выбираете верхний или нижний колонтитул (смотря где вам надо автонумерацию листов отобразить) и выбираете пункт "изменить .. колонтитул". Откроется вкладка "конструктор". Задайте место расположения и формат нумерации страниц, а также выберите опцию "начинать с 1". Закройте окно колонтитулов.

Перейдите на первый лист ваших приложений.

2)Теперь откройте пункт меню "разметка страницы" и подменю "параметры страницы" кликните по правому треугольничку, чтобы открыть окно изменения параметров страницы. Внизу этого окна есть маленькое окошко с названием "применить", там выберите опцию "до конца документа". Кликните по слегка затененному текущему номеру листа и измените его значение на 1.

Все. Теперь ваши приложения будут иметь отдельную нумерацию листов. Если вам надо начинать нумерацию с 1 в каждом приложении, то во всех последующих приложениях повторите пункт 2) моей инструкции.