Какая орфограмма в слове семья?

В этом существительном две орфограммы: безударная гласная "е" и мягкий знак, обе орфограммы в корне слова.

Первая орфограмма легко проверяется изменением формы слова таким образом, чтобы безударный встал в сильную позицию (под ударение). Такой формой является форма числа множественного -- сЕмей.

Многие большие семьи получили в этом году финансовую поддержку губернатора, дополнительная сумма была весьма кстати.

Вторая орфограмма относится к мягкому знаку. Он выполняет в этом слове разделительную функцию -- разделяет корень и окончание "я". Если его не поставить, то получится совершенно другое слово -- "семя".