Почему Литва отозвала посла из России 11.04.2019 года?

Тут лучше не в домыслах упражняться, а обратиться к первоисточнику:

(по заявлению Расы Якилайтене, пресс-атташе министра иностранных дел Литвы)

Да, запалом послужило решение литовских судей. Справедливо или нет, с доказательствами или без оных (мне почему-то представляется, что доказательства там были, в конце концов, это всё на наших глазах происходило, даже если кому-то теперь и хочется зажмуриться и ничего не видеть), но суд вынес вот такое решение.

Но на это на всё наложилось и внутрилитовское дело. Г-на Мотузаса, посла Литвы, подозревают в корыстной нечистоплотности, попросту - чё-то там мутное было при оформлении виз некоторым российским бизнесменам.

Так что причина двоякая. И внешняя (угрозы в адрес посла со стороны "патриотов"), и внутренняя (разбирательство по поводу выдачи виз).