Будет ли работать Youtube в РФ при изолированном Рунете?

Изолированный Рунет пока не означает, что будет полная изоляция. Хотя если уж закон принят, исключать такой возможности нельзя.

Изначально закон об изоляции Рунета облегчает скорее блокировку неугодных сайтов и их содержимого.

Для неугодных сайтов будет создан свой особый перечень. Закон предусматривает создание этого перечня, но на момент написания ответа этот перечень еще не создан.

В данный момент Youtube не входит в список запрещенных в РФ сайтов, поэтому проблем с ним возникнуть не должно, если наше правительство не передумает и не признает его вредным для россиян (периодически все же прецеденты возникают), поэтому на ноябрь 2019 года скорее всего, все останется в прежнем режиме.

А вот если позже захотят ввести полную изоляцию (а некоторые предпосылки для этого существуют), то будет как в Китае - ни зарубежные сайты, ни сервисы, ни поисковики работать не будут. Технически, наверно, это как-то можно будет обойти, но уже не все будут это делать, так что русскоязычная аудитория неизбежно сократится.