Почему многие великие люди женились на своих кузинах?

Потому что мы любим то, что знаем, то, что видим.

Тут много "за".

Схожее воспитание, схожий менталитет, сходные предпочтение, образование, часто - увлечения, даже сходный размер половых органов.

Кроме всего прочего, дружба семьями, знакомство с детства, когда знали друг о друге почти все.

И этому не препятствовало ни государство (государи сами женились на родственницах, их было мало, да и родство не самое ближнее), ни церковь (взять хоть Библию), ни какое общественное уложение (во всех деревнях было несколько фамилий, которые столетиями скрещивались).

Да и породу не портили :)

В общем, все было "за" и, практически, ничего "против".