Почему, если человек плохо выглядит, говорят : «Ты, что – не выспался»?

Ну не говорить же "ты плохо выглядишь, у тебя наверно рак" или "ты, видимо, серьезно болен" (хотя может быть именно так и есть), а говоришь нейтрально-оптимисти­чно "ты что, не выспался?"...

Конечно, если человек относительно молод, разовое отсутствие сна на нем никак внешне не будет заметно, но говорить в лицо о болезнях как-то не очень принято, как мне кажется.

Хотя наверно зря. Возможно, такое замечание (а со стороны всегда виднее) спасло бы кого-то, заставив вовремя обратиться к врачу.