Почему за перевозку б/у шин транспортные компании берут ещё и залог?

Потому что новые шины (собственно, любой товар) сами являются залогом - если клиент откажется оплачивать услуги перевозчика, тот просто оставит груз себе до решения вопроса. Старые шины имеют нулевую рыночную стоимость - вот чтобы не попасть в ситуацию, когда перевозчик свою работу выполнил, а денег с заказчика не получил, и берётся залог.