Как дать понять коту, что хозяин в доме я, а не он?

Очень просто, вспомните как кошка-мать таскает своих котят. Вспомнили? Правильно - "за шкирку".

Может приходилось видеть как кот, овладевая кошкой, также удерживает её за шкирку.

Это является жестом вожака. Жестом силы.

Вот Вам и ответ на заданный вопрос. Чтобы показать кто вожак и хозяин в этой стае необходимо в некоторых ситуациях брать кота за шкирку: нагадил - за шкирку и носом в дерьмо; замахнулся лапой на хозяина - за шкирку и воспитательная беседа (интонации и чувства они очень даже понимают).

Ну и приласкать не забывайте, когда заслужил, конечно. Не просто так. А когда именно заслужил.