Почему раньше зарплата называлась жалованьем?

Потому что отношения между сотрудником и работодателем были отношениями подчиненности, и работодатель жаловал с барского плеча своему служащему некоторые суммы для поддержания штанов. Сейчас, разумеется, все по-другому :-)