А куда попадают самолеты попавшие в аварии?

Всё зависит от вида аварии и степени повреждений. Если авария имеет степень катастрофы с гибелью людей, разрушениями конструкции, пожарами, то конечно тут всё понятно.

При серьёзных повреждениях, когда деформируется корпус, механика крыла и прочие крупные агрегаты, то обычно самолёт списывается, в полётах не используется, но может продолжать службу в качестве экспоната музея, памятника, учебного пособия.

Например в Калининграде был случай когда Боинг "737-300" совершил посадку на "брюхо", получил значительные деформации и к дальнейшим полётам допущен не был и его передали БФУ имени Канта в мае 2013 года. На этом тренажерном комплексе будет проводиться аварийно-спасательна­я подготовка экипажей.

Ну а если повреждения и неисправности незначительные, то конечно производится ремонт, замена деталей, дополнительные испытания и проверки, оформляются допуски и машина продолжает эксплуатироваться.