Как правильно: которОЕ или которЫЕ? И верно ли проставлены запятые?

Ну давайте разбираться.

Начнём «с конца» — с запятых.

Перед нами сложное предложение. Точнее их два, связанных оборотом «который (ое)». При этом предложения не следуют друг за другом, а второе как бы вклинивается в первое: сначала идёт одно высказывание, затем оно прерывается вторым — поясняющим, а после — первое продолжается. Следовательно, второе нужно выделить запятыми, а вот в продолжении первого запятые не нужны: стоящая там запятая разделяет подлежащие (ООО «План») и сказуемое («изымалось»), что неверно.

Правильно будет так:

Теперь о самом обороте. Тут придётся обратиться к смыслу высказывания.

В предложении описана схема уменьшения налогооблагаемой базы с использованием посредника: некое ООО «План» предоставляло какие-то услуги, за которые брало вознаграждение в 3-5 %. Все услуги не указаны, но в их перечень входили транзитные операции — товары (или деньги) «прогонялись» через ООО «Клан».

Смущающий оборот относится не к налогам, а к действиям ООО «План» — предоставлению услуг: он описывает одну из них (транзитные операции). Значит о вопрос следует задать к действиям.

Варианта два:

• либо поясняются действия «предоставление» — тогда вопрос звучит «Какое?» и оборот принимает вид «которОЕ включалО»,
• либо поясняется вид услуг — тогда вопрос звучит «Каких?» и оборот принимает вид «которЫЕ включалИ».

В принципе, оба варианта допустимы. Впрочем, первый носит более «канцелярский» вид и для более точного понимания высказывания, с моей точки зрения, предпочтительнее второй: