Если мы светское государство, то как объяснить действия РПЦ?

Именно потому что мы - светское государство, действия РПЦ не нуждаются в объяснениях. Если их представители нарушают какой-то закон, то они должны быть адекватно наказаны. А вот представители государственных органов должны осознать, что для того, чтобы РФ была действительно светским государством, они должна не только декларировать отделенность церкви от государства, то и постоянно действовать в соответствии с этой декларацией в их каждодневной работе.