РЖД заменил столыпинские вагоны или до сих пор зк перевозят в старых...?

Не надо путать "столыпин" с современным вагоном почтового отделения (под вывеской скрывается вагон для этапирования заключенных). "Столыпин" изначально был разработан для перевозки переселенцев из районов центральной России в Сибирь с имеющимся движимым имуществом (лошадьми, коровами и мелкой живностью). Поскольку вагон, как товарно-грузовой оказался удачным, его до перевода ж/д состава с двух осей на четыре и более использовали вплоть до 50 - 60 годов XX-го века (натуральный "столыпин", оборудованный нарами можно увидеть в фильмах про ВОВ, в нем возили личный состав РККА низшего звена).

И еще, подвижной состав для перевозки этапируемых к местам исполнения наказания принадлежит МинЮсту как составная часть УИН, поэтому РЖД к его обновлению отношения не имеет.