Что имеет в виду человек, называющий мужчину бабой?

Зависит от того, что за человек вообще, какого он пола и как он относится к женщинам.

Если слово "баба" применяется например самой женщиной по отношению к себе или к своей подруге, то скорее всего она просто хочет пошутить, или как бы преуменьшить свое значение и положение в обществе.

Если же "баба" говорят мужчины, то может быть они хотят тем самым немного принизить свою подругу женского пола, как бы сказать этим тот факт, что мужчина чуть выше женщины и "баба" это слегка презрительное выражение.

Также бабами до сих пор могут называть друг друга люди в деревнях, при это не особо это влияет на отношения между людьми и считается обычным выражением.