
Почему Германия так и не смогла захватить Мальту в 1939-43 годах?

Она её и не захватывала. Остов Мальта был хорошо защищён британскими и мальтийскими подразделениями с поддержкой 1 королевского танкового полка. Артиллерия была способна оказать поддержку на глубину фронта 11 километров, оставаясь при этом на защищённых территориях. Береговая поддержка была осуществлена артиллерийскими подразделениями Мальты.
По плану захваты Мальты "Геркулес" итало-немецкими войсками необходимо было отозвать большое количество войск с других фронтов, кроме того Гитлер не верил, что итальянские подразделения ВМС могут дать отпор британскому королевскому флоту. Кроме того Геринг опасался большой потери воздушного десанта после огромных потерь по вторжению на острове Крит.
В итоге Гитлер отменил операцию "Геркулес", не смотря на превышающие силы десанта по сравнению сил обороны острова Мальта.
автор вопроса выбрал этот ответ лучшим