Как правильно говорить: я не был или меня не было? Почему?

Обе формы правильны и вполне приемлемы, широко используются в языке. По смыслу они практически идентичны, однако в первом варианте личное предложение, где тот, кого нет является как бы активным участником происходящего, тогда как во втором варианте предложение безличное, а участник уже пассивный.

Если углубиться в семантику, то в первом варианте на отсутствующего как бы возлагается ответсвенность за его отсутствие, т.е. его нет по его собственному желанию или в результате каких-то его действий или бездействия. "Ты не был в Париже" = "Ты туда не ездил". "Он не был с нами" = "Он был не с нами, а в каком другом месте", т.е. выбрал другое местонахождение.

Второй вариант звучит более нейтрально, больше как констатация факта, что кого-то нет / не было в том или ином месте.