Почему апостолы Иисуса Христа не были баптистами?

Потому что баптизм как одна из разновидностей христианства, отпочковавшаяся от протестантизма, возник только в 1609 году. Или даже в 1611 (смотря от какого события вести отсчет).

Ну и как, по-вашему, могли люди, по фигу кто, хоть бы и апостолы, стать членами общины, сформировавшейся спустя шестнадцать веков?