Почему Пилат зная что Иисус невиновен, приказал его убить?

Выбор был за народом. Это что касается, кого именно помиловали.

Пилат не приказывал убивать, он лишь утвердил, как прокуратор, смертный приговор, вынесенный церковной властью.

Не утвердить его в тот момент он не мог. Причины две. Иисуса обвиняли ко всему прочему в преступлении против императора. Если бы Пилат не утвердил приговора, мог пойти донос на него кесарю, что было бы чревато для Пилата. И ещё момент. Церковная власть пригрозила народным бунтом в случае помилования Иисуса, чего Пилату очень не хотелось. Обстановка к тому времени в Иерусалим сложилась взрывоопасная в связи с ожиданием явления мошиаха, собственно поэтому Пилат с войсками и прибыл в Иерусалим, чтобы не допустить волнений.