В День семьи любви и верности можно поздравлять живущих гражданским браком?

Конечно можно. Официальная сторона тут не причём, главное отношение, а не штамп в паспорте. Многие живут в гражданском браке, причём по многу лет и живут счастливо (так, что другие иногда позавидовать могут). Так что поздравлять обязательно нужно.