Чем отличается формат видео AVI от MKV?

Если грубо, то в AVI (Audio Video Interleave) по очереди идут фреймы с видео и звуком только. Часто, из-за недостаточной производительности, звук может рассинхронизироватьс­я с видеорядом. "Матрешка" (MKV) такого не допускает, так же в "матрешку" можно вставлять синхронные субтитры и несколько звуковых дорожек на разных языках.

MKV более гибкий контейнер.

Видео и аудио может быть сжато любым кодеком и в "матрешке", и в AVI.

Конвертировать можно любым сторонним конвертером понимающим оба формата. Конверсия контейнера происходит без перекодирования.