Какую зарплату получали депутаты Верховного Совета СССР, почему?

Ту же, что они получали по основному месту работы.

Депутаты Верховного Совета СССР, за исключением разве что самых последних лет его существования (сформированного Съездом народных депутатов), не освобождались от своей основной работы. Сессии проходили раз в год, редко два раза в год, и продолжались меньше недели. Вся законотворческая работа целиком была сосредоточена в ЦК КПСС, депутатам оставалось лишь дружно проголосовать за предложенные им законы и постановления. "Профессиональные" депутаты, то есть те, кто всё своё рабочее время посвящает именно выполнению депутатских обязанностей и зарплату получает именно за это и только за это, появились лишь в 1989 году.

Ну и по существовавшему тогда порядку, на время исполнения работником общественных или государственных обязанностей - это не только депутатство, это, например, обязанности народных заседателей в судах, - за ним сохранялась зарплата по основному месту работы со всеми полагающимися надбавками.