Почему во время войны не пытались стрелять по заградотрядам?

Потому что бегущие из боя, как правило, разобщены и напуганы. А вот заградотрядовцы были объединены, злы и спаяны жёсткой дисциплиной. Также никому из них не хотелось поменять "тёплое место" в тылу на передовую, поэтому старались изо всех сил "оправдать доверие партии".

Зачастую были случаи когда даже один НКВД-шник с наганом мог убить ни в чём не повинного бойца ("одного из многих") и никто за него не вступался. "Своя шкура дороже". Даже не при бегстве, даже когда НКВД-шник докопался до солдат спьяну. Такие случаи бывали. А были и другие случаи, когда "наган" отбирали и до смерти забивали озверевшего "опричника". НО! Это когда толпой и не разберёшь кто первый ударил.