Почему большинство старинных церквей стоят отдельно от своих колоколен?

Строго говоря, это не церкви отдельно от колоколен, а колокольни отдельно от церквей. Отдельно - предположу, что так сложилось исторически, поскольку первоначально церковная архитектура, базилика, не предусматривала в своем составе колокольни или иной башни. И лишь позже, видимо, веке в 5 - 6, начинают пристраивать к базилике колокольню. Позже ее строят не отдельно, а вплотную в притвору, или две колокольни по обе стороны притвора - но все равно колокольня примыкает к основному зданию базилики снаружи.

Ну а русские храмы, происходя от византийских, в пределе происходят от все тех же базиликальных храмов. И по все той же традиции, колокольню не встраивают в основное здание, а пристраивают отдельно.

Исключение - церковь типа "иже под колоколы", где храм и колокольня совмещены. Пример - колокольня Ивана Великого

Как-то так.