Кальций и Кальцедония -слова одного смыслового происхождения?

Нет.Кальций-химическ­ий элемент.Название элемента происходит от лат. calx (в родительном падеже calcis) — «известь», «мягкий камень».

«Кальцедония»(«Calze­donia»)-итальянская компания, была основана в 1986 году.Название происходит от слов «calze» - чулки и «donna» - госпожа.