Нужна ли дефрагментация ntfs, если фрагментировано 40%? Почему?

При любой файловой системе сильная дефрагментация (а у вас именно такое значение!) приводит к снижению производительности соответствующего гаджета. Это связано с увеличением числа попыток чтения раздробленных кусков информации. Чем выше дефрагментация, тем больше таких попыток надо делать. Особенно это актуально для разметки раздела с малым размером кластера.

Что касается файловой системы NTFS, то она считается более надежной при больших объемах информации. А учитывая, что размер кластера у данной системы очень даже невелик, то высокий уровень дефрагментации сильно тормозит работу с диском. Дефрагментацию можно не делать, если ее величина ниже 15%.