Нормально ли, что FilleZilla очень долго загружает файлы на хостинг?

Если вы используете бесплатный хостинг, то да, вполне возможно. Там ограничения по скорости режутся очень сильно. Тем более у вас очень много файлов. 9000 - это очень много, я даже не представляю, что за сайт там должен быть.

Также причиной может быть сам шаблон. Сейчас все сайты динамические, они для 1000 товаров используют всего лишь 1 страницу, а информацию о 1000 товаров берут из БД и вставляют в HTML код с помощью PHP. У вас, возможно все 1000 страниц созданы и разнесены в ручную, это очень плохо. Так вы не сможете нормально работать.

Да и вообще обычный шаблон для своего первого сайта вы можете скачать бесплатно из интернета. И весят подобные шаблоны по 1, максимум по 2 Мб.