Вредна ли недоваренная свёкла, почему?

Нет, не вредна. Есть множество рецептов, где она используется даже в сыром виде.

А есть некоторые кухни, где рекомендуется недоваривать овощи. Это считается более здоровым вариантом. Так что, всё нормально. Не беспокойтесь.