Супермаркет подал заявление в полицию из-за чарджбэка,что делать?

А это зависит от того, вернули вы деньги мошенническим путем или нет. Почему-то эту существенную подробность вы скромно опускаете.

Если вы честный человек - то ничего делать не нужно. Следствие это установит и дело будет прекращено. Если же вы мошенник - можно попробовать договориться с потерпевшей стороной о компенсации ущерба и отзыве заявления, тогда дело будет урегулировано в досудебном порядке.