Как инцест может ухудшать генофонд, если тысячилетия разнообразия не было?

Вы абсолютно правы, утверждая, что близкородственные связи были нормой для человека в относительно недалеком прошлом. Это не приводило к вырождению, потому, что практически всё слабое потомство погибало еще в младенчестве. У людей не было и не могло быть "плохих" генов, они не могли накапливаться. Все кто был хоть немного слабее других, очень быстро погибал. Благодаря здоровью своих генов, полигамии и суровому отбору, изолированная группа могла жить очень долго, не испытывая никаких трудностей с воспроизводством. В то же время, наши предки не были абсолютно изолированы. Случались набеги на соседние племена и случайные встречи. Племена обменивались генофондом, а затем члены племени активно делились им друг с другом, продуцируя множество комбинаций генов. Этого было достаточно, чтобы не выродится.