Можно ли работать секретарем,если Вы и работодатель одного пола?

Очень даже можно. Мало того, подбирать сотрудника (сотрудницу) исключительно по гендерному принципу бессмысленно. В первую очередь важны деловые качества и способность сработаться с начальником.