Почему у слова "глубочайшее" начальная форма "глубокий"?

Потому что "глубочайшее" этотпревосходная степень сравнения прилагательного "глубокий"

Глубочайшее - превосходная степень прилагательного;
глубокий - начальная форма прилагательного (м.р. ед.ч.).